Según el análisis DAFO, pesan numerosas amenazas sobre el medio ambiente del SUDOE: pérdida de biodiversidad, distintos tipos de contaminación, degradación de los espacios naturales y paisajes, erosión, riesgos hidrológicos, de incendios, de carácter sísmico, o de desertización, muchos de ellos asociados a las especificidades físicas del territorio.
La falta de concertación de las medidas de prevención, la insuficiente cobertura del territorio por los espacios Natura 2000, las presiones urbana y turística, el tratamiento inadecuado del tráfico por carretera, los residuos y las aguas residuales, son algunas de las causas explicativas de esta situación.

Sin embargo, este medio ambiente está relativamente mejor conservado que el de otras regiones europeas y sigue teniendo una riqueza de recursos y parajes naturales de gran calidad. A ello hay que añadir el importante potencial que presenta en materia de energías renovables.

Es obvio que muchos de los anteriores problemas de carácter medioambiental tienen, frecuentemente, una naturaleza que sobrepasa las fronteras administrativas de los territorios. Por ello, la solución a los mismos precisa de actuaciones conjuntas, y no aisladas, que respondan a planificaciones compartidas y consensuadas sobre aquellos aspectos que afectan a zonas de más de un país.

Objetivos de esta prioridad
En consecuencia, la prioridad de Sostenibilidad que se establece por el Programa abre la posibilidad de avanzar hacia una estrategia efectiva de cooperación transnacional, en la que los agentes interesados (administraciones, asociaciones ambientales, entre otros) participen para tratar todos los aspectos relevantes desde la óptica de la sostenibilidad y pongan en práctica las medidas necesarias, con el fin de proporcionar las bases para prácticas más adecuadas en el campo de la prevención de riesgos y la conservación de los recursos naturales.